1 材料与方法
1.1 样品采集
1.2 样品中DNA的提取及PCR扩增
1.3 测序数据处理
1.4 生物信息学分析
1.5 16S rRNA和ITS功能预测分析
1.6 数据的统计与分析
2 结果与分析
2.1 序列拼接质控与OTUs聚类分析
2.2 微生物群落的Alpha多样性分析
2.3 微生物群落的Beta多样性分析
2.4 不同地区患病牛上呼吸道中的微生物品种鉴定及菌群结构分析
2.5 上呼吸道微生物功能预测
3 讨论
3.1 呼吸系统疾病牛鼻咽部菌群多样性
3.2 呼吸系统疾病牛鼻咽部菌群中的致病菌
3.3 呼吸系统疾病牛鼻咽部菌群功能预测
4 结论
文章摘要:为研究患呼吸系统疾病(BRD)的牛鼻咽部微生物的多样性及其基因功能,搜集贵州省不同地区3个牛场的患病牛鼻拭子(分别为R1、R2和R3组),利用Illumina高通量测序技术鉴定牛鼻咽部微生物多样性。平均得到细菌类有效序列64 128条,聚类为3 675个操作分类单元(OTUs);真菌类有效序列65 472条,聚类为2 646个OTUs。经分类学鉴定,细菌类属32个门、52个纲、124个目、233个科和582个属;真菌类属14个门、32个纲、97个目、223个科和407个属。细菌中的优势菌群为拟杆菌门(19.19%~47.15%)和变形杆菌门(16.04%~48.53%);属水平下,致病性细菌有支原体(0.68%~7.82%)、曼氏杆菌(0.19%~3.06%)、不动杆菌(0.74%~10.92%)、巴氏杆菌(0.44%~3.97%)和金黄杆菌(0.25%~2.75%)等。真菌中的优势菌群为子囊菌门(40.73%~61.4%)和担子菌门(6.88%~24.3%);属水平下,致病性真菌有曲霉菌属(1.19%~16.26%)、假丝酵母属(0.19%~7.6%)和克柔氏菌属(2.28%~45.1%)等。细菌类KEGG功能分类注释显示,R1组和R2组代谢类的相关通路丰度增加,R3组疾病感染、信号转导等相关通路丰度增加。真菌功能注释显示3组样品中均存在动物病原菌丰度增加。结果表明,患BRD牛鼻咽部微生物组成相似,但相对丰度存在差异;除常见的菌群外,还存在致病性细菌和真菌。
文章关键词:牛呼吸系统疾病,高通量测序,16S rRNA,鼻咽部微生物,微生物多样性,功能预测,
论文作者:张静1 张涛2 卢昱希2 任荣清2 黄波1 周思旋2 王婧1 赵春萍1 史开志1 张雄1
论文分类号: S858.23
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